一個合理的PCR儀實驗室，要時刻注意污染的監測，考慮有無污染是什么原因造成的污染，以便采取措施來防止和消除污染。對于PCR儀的對照實驗一般有以下幾種：

　　1.重復性試驗。

　　2.選擇不同區域的引物進行PCR擴增。

　　3.陽性對照

　　在建立PCR反應實驗室及一般的檢驗單位都應設有PCR陽性對照，它是PCR反應是否成功、產物條帶位置及大小是否合乎理論要求的一個重要的參考標志。陽性對照要選擇擴增度中等、重復性好，經各種鑒定是該產物的標本，如以重組質粒為陽性對照，其含量宜低不宜高(100個拷貝以下)。但陽性對照尤其是重組質粒及高濃度陽性標本，其對檢測或擴增樣品污染的可能性很大。因而當某一PCR試劑經自己使用穩定，檢驗人員心中有數時，在以后的實驗中可免設陽性對照。

　　4.陰性對照

　　每次PCR實驗務必做陰性對照包括：

　　①標本對照

　　被檢的標本是血清就用鑒定后的正常血清作對照;被檢的標本是組織細胞就用相應的組織細胞作對照；

　　②試劑對照

　　在PCR儀試劑中不加模板DNA或RNA，進行PCR擴增，以監測試劑是否污染。